A Secretaria Executiva é composta pelo Gabinete do Secretário Executivo, pelo Departamento de Ouvidoria Agrária e Mediação de Conflitos (DOAMC), pela Subsecretaria de Planejamento, Orçamento e Administração - (SPOA) e pelo Departamento de Planejamento, Monitoramento e Avaliação da Regularização Fundiária na Amazônia Legal.